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Fin de la república guayaquileña: Golpe de estado de Simón Bolívar y anexión forzosa a la Gran Colombia

Previo a la entrevista de Guayaquil, y oficialmente con motivo de ésta, Bolívar el 11 de julio de 1822 llega a la ciudad capital de la Provincia Libre (Santiago de Guayaquil) y es recibido por la población guayaquileña bajo las vivas de "Viva Colombia", "Viva Bolívar" y "Viva Perú", expresando la solidaridad independentista con los pueblos americanos. Algunos historiadores han querido ver en estas expresiones públicas un deseo anexionista a Colombia o a Perú, y otros de que el gobierno guayaquileño tenía intención de mantenerse soberano.


Los libertadores Simón Bolívar y José de San Martín.
Bolívar consideraba la Provincia un lugar de entrada para el Perú que era la última región sin independizar en sudamérica y el mayor bastión realista, por lo que consideraba estratégica la anexión de la Provincia a la naciente República de Colombia (previamente el cabildo de Quito ya había declarado su anexión a Colombia). El general Bolívar respaldado de un fuerte contingente militar dio un golpe de Estado proclamándose Jefe Supremo de la Provincia y decretó la anexión a la Gran Colombia, desconociendo al gobierno presidido por Olmedo. La anexión de La Provincia Libre de Guayaquil a la Gran Colombia, provocó el autoexilio de Olmedo, quien en una conmovedora misiva le hizo conocer a Simón Bolívar su desacuerdo con las medidas adoptadas con su gobierno.

Simón Bolívar recibe unos días después a José de San Martín, en calidad de Jefe del gobierno de la Provincia; según documentos históricos, en la entrevista de Guayaquil, los dos libertadores trataron entre otros varios asuntos, sobre la manera de finalizar la guerra emancipadora en el Perú y sobre la forma de gobierno que convenía a los nacientes Estados americanos. Mientras San Martín se inclinaba por un régimen monárquico, con caracteres constitucionales, Bolívar se mostró partidario de una república democrática. La entrevista no tenía entre sus puntos el destino de la Provincia como mal se suele afirmar.
El 31 de julio de 1822, la ciudad de Santiago de Guayaquil declaró su anexión oficial a la Gran Colombia y con ella también el resto de la agonizante administración independiente guayaquileña. La Provincia Libre de Guayaquil pasó a constituir el Distrito del Sur del estado colombiano junto con el Departamento de Ecuador con capital en Quito y el Departamento de Azuay con capital en Cuenca, bajo el nombre de Departamento de Guayaquil con capital en la Ciudad de Guayaquil.